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iPhone短信清空后仍然显示红点，可能是由于以下原因。
1、消息仍然存在于短信应用程序中的未读消息或通知中，即使已经清空了短信列表，如果有未读的消息通知，红点仍然会显示，可以进入短信应用，查看并处理这些未读消息或通知。
2、某些通知或提醒仍然与短信应用程序关联，一些通知功能，如未接来电短信通知等，即使已经清空了常规短信，仍然可能会有红点提示，可以检查相关的通知设置，确保已关闭不必要的通知。
3、软件问题或系统缓存问题也可能导致红点持续显示，可以尝试重新启动设备，或者更新iOS系统到最新版本，有时候这可以解决一些软件相关的问题。
如果以上方法都无法解决问题，建议联系苹果官方客服或前往附近的苹果专卖店寻求帮助。